Monumentu historiko gisa sailkatua, 1931n.
Baionako katedraleko kartularioan aipatzen den XII. mendeko lehen elizaren hondarkin arkeologikorik ez da agertu gaur arte. Eraikinak, hala ere, Erdi Aroko parte garrantzitsu bat atxiki du: hutsarte geminatuak eta kanoi-zulo edo gezileihoak. XVII. mendean, Jondoni Joanes Batista eliza handitu eta goratu zuten, garapen betean zen itsasbazterreko herriko fededun guziak hartzeko gisan. Kontrarreformak moldatu Lapurdiko erlijio-arkitekturaren lekuko saihestezina da eliza. Lau galeria-estaik eta organo azpiko galeriak egituratu eliza barne zoragarria du. Kantorean, ustez 1669ko erretaula barroko erraldoia dago. Hogei estatua biltzen ditu, eta katixima itxura du, irudi adierazkor eta koloretsuekin eta mahatsondoz eta txoriz bete zutabe salomonikoekin. 1660ko ekainaren 9an, orduan arrunt obretan zen elizan, Luis XIV.aren eta Espainiako infantearen arteko ezkontzak donibandarren historia eguzki izpiz argitu zuen.